Protože je bioodpad aktivní látkou, která již při sběru podléhá změnám (vysoušení, započetí rozkladu), je nutno pro jeho sběr použít speciálních nádob.
Ač se sběrné nádoby z vnější strany podobají standardním „popelnicím“, jejich vnitřní konstrukce je zcela odlišná. Rošty, otvory, žebra či komínek zajišťují provzdušňování a oddělení kapalné a tuhé části bioodpadu. Díky tomu nedochází k zahnívání odpadu a i při 14 denním svozu obsah nádob významně nezapáchá. Díky vysychání ztrácí bioodpad již v nádobě část své hmotnosti, čímž uvolňuje prostor pro další materiál.
Pro svoz a dopravu odpadů jsou používána standardní svozová vozidla určená pro svoz ostatních komunálních odpadů. Vozidla jsou upravena tak, aby bylo zamezeno vytékání tekutin uvolněných z bioodpadu. Svoz je prováděn jednou za 14 dní odděleně od jiných odpadů prostřednictvím svozových tras ukončených na kompostárně.
V případě plošného úspěšného zavedení systému sběru bioodpadů je možné přistoupit ke snížení četnosti svozu směsného komunálního odpadu. Ve výsledku je takto možné ušetřit nemalé prostředky z obecního rozpočtu plynoucí na úhradu zákonných poplatků za ukládání odpadu na skládky.
